Na de Franse revolutie van 1795 werden alle goederen van het Huis van Oranje, waartoe ook de korenmolen in IJsselstein behoorde, ondergebracht bij het instituut Nationale Domeinen.
Een keizerlijk decreet uit 1811 bepaalde dat alle goederen vallende onder de Nationale Domeinen publiekelijk verkocht moesten worden en zo werd op 13 januari 1812 de molen met molenplaats en loswal op een veiling in Amsterdam verkocht aan makelaar A.W. Bosse voor 18.000 gulden (37.500 franc). Zijn opdrachtgever was korenmolenaar Dirk Brouwer uit IJsselstein. Na het overlijden van Dirk Brouwer in 1849 runde zijn ongetrouwde dochter Aafje de molen nog enige tijd.
In 1850 werd de molen met werf, koepel en pakhuis publiekelijk voor 14.000 gulden verkocht aan drogist M.J.S. van de Kasteele en fabrikant W. Soeters, die de molen verhuurden aan de timmerman en molenaar Barend van Woerden. Deze kreeg de molen in 1858 in eigendom. Barend van Woerden redde het stuk stadsmuur bij de molen, omdat hij bij de gemeente gehoor kreeg voor zijn angst voor op hol slaande paarden op de molenberg als de muur daar zou worden afgebroken.
In 1881 besloot Jan Barend van Woerden, die zijn vader als molenaar was opgevolgd, de molen te moderniseren. Aan de molen werd een gebouwtje geplaatst met daarin een stoommachine om ook bij windstilte te kunnen malen. Na het overlijden van Jan Barend van Woerden in 1913 werd de molen publiekelijk geveild en verkocht aan Jan Korevaar uit Utrecht, molenaar op ‘Rijn en Zon’. In 1914 begon de eerste wereldoorlog en de zoon van Jan Korevaar die op de molen zou komen, werd gemobiliseerd. De molen kwam stil te staan, ging daadoor snel achteruit en werd in 1917 voor 3.500 gulden verkocht aan Geurt Van Ek. Hij verkocht de houten molenonderdelen, liet de wieken en de geheel verrotte kap en stelling slopen en een dak op de romp maken. Geurt van Ek ging in de molenromp wonen en begon er een brandstoffenhandel.
Lees verder: De Windotter van 1917 tot 1986
