De restauratie vorderde voorspoedig, waarbij op de romp na alles is vernieuwd. Een nieuwe fundering zorgde ervoor dat de romp stevig verankerd is aan de ondergrond. Alle vloeren, deuren, ramen en de stelling zijn opnieuw aangebracht. De kap werd aan de hand van oud fotomateriaal gereconstrueerd en nieuw gaand werk, wieken en steenkoppels zorgden ervoor dat eind 1987, na bijna 70 jaar, de molen weer maalvaardig werd.
Met het vorderen van de restauratie ontstond er discussie over de naamgeving. De naam ‘De Windotter’ was nergens in oude archiefstukken te vinden waardoor er getwijfeld werd aan de authenticiteit. De in 1987 bijna 100 jaar oude mevrouw Van Ek bracht uitkomst. Bij navraag kon zij precies vertellen dat zij bij het betrekken van de molen in 1918 de naam in zwarte letters aantrof op de luizolder. Ze moest ieder jaar de bewuste plek ‘overwitten’ om die lelijke letters weg te krijgen. En zo kon bij het herstelwerk aan de binnenmuur de naam weer worden teruggevonden. Op de groene baard met witte rand onder de kap zien we deze nu prominent terug met de data van bouw en restauratie.
De gedurfde opzet, een visie van de toenmalige burgemeester Roest Crollius, om na de restauratie de molen dagelijks op professionele wijze te laten malen en bedrijfsmatig te exploiteren is mede door de grote inzet van het molenaarsgezin Dolman en het stichtingsbestuur in alle opzichten geslaagd. De eerste tien jaar na de ingebruikname maalde de molen voornamelijk voor de ‘warme’ bakkers en de groothandel. ‘Het Backershuys’ is een trouwe afnemer vanaf het eerste uur. Een deel van de woonkamer op de begane grond van de molen werd ingericht als verkooppunt voor particulieren.
De waardering voor de goede kwaliteit van de molenproducten groeide en de populariteit van de broodbakmachine thuis nam steeds grotere vormen aan. Het gevolg daarvan was dat de verkoop van broodmixen aan particulieren explosief steeg en de molenwinkel te klein was om het hele assortiment kwijt te kunnen. Soms stonden de pallets meel buiten om binnen meer plek te hebben voor de verkoop vanuit het winkeltje. De consumentenverkoop steeg van 50.000 kg in 2001 tot meer dan 100.000 kg in 2004. De molenwinkel was gigantisch uit haar jasje gegroeid. Architect Walter van Meijl van WAS-architecten ontwierp een moderne molenwinkel die recht deed aan de historische aanblik op de molen. Op 2 juni 2007 vond de officiële opening plaats door burgemeester Patrick van den Brink. De nieuwe winkel biedt niet alleen plaats aan prodcucten voor thuisbakkers, maar ook aan molenbier, molensouvenirs en molencadeauartikelen.
Sinds een paar jaar draait het molenbedrijf financieel gezien volledig autonoom, dus zonder subsidie. Tegenwoordig is de werkende en dus ‘levende’ molen niet meer weg te denken uit het IJsselsteinse stadsbeeld.
