Een molen is onlosmakelijk verbonden met zijn omgeving, de molenbiotoop. De biotoop of natuurlijke levensruimte van een ‘levende’ molen, dient van oudsher aan één eis te voldoen: een vrije windtoevoer.
Windbelemmerende obstakels zoals bebouwing en begroeiing dienen zoveel mogelijk uit de directe omgeving van de molen te blijven. Alleen met een ongestoorde windvang kan een molen optimaal zijn werk doen. Vroeger betaalde de molenaar pachtgeld aan de Heer van IJsselstein en verkreeg daarmee het windrecht, wat hem een ongestoorde windvang garandeerde. Hoewel de Heerlijke rechten in 1798 zijn afgeschaft, is de noodzaak voor een vrije windvang voor een molen in bedrijf net zo noodzakelijk als vroeger. Binnen een straal van 400 meter rond een molen moet rekening worden gehouden met windbelemmerende obstakels. niet alleen nemen zulke obstakels wind weg, maar ze zorgen ook voor turbulentie, die extra slijtage en hogere onderhoudskosten veroorzaakt.
De molenbiotoop is een voortdurende zorg. Er kan geen hoge bebouwing in de omgeving van de molen wordt gepland en ook bomen die boven de stelling (12 meter boven maaiveld) uitgroeien moeten verplaatst of gesnoeid worden. Zo zijn er voor de molen grote kastanjebomen, iepen en esdoorns verplaatst.
De gemeente IJsselstein won de Evert Smit Biotoopprijs 2007. Het Gilde van Vrijwillige Molenaars kende de prijs toe omdat het gemeentebestuur een beschermingszone voor De Windotter creëerde en in stand hield. Zo werd al vóór de restauratie een plan voor de aanleg van het Zenderbos geschrapt, omdat dit problemen zou opleveren voor de windvang van de molen. Met de bouw van Zenderpark werd rekening gehouden met de molenomgeving, de plannen voor de woontorentjes langs de Baronieweg werden aangepast en alle nieuwbouwplannen aan de Overtoom werden getoetst aan de molenbiotoop.
